Родился 24 июня 1969 года в поселке Курчум Восточно-Казахстанской области в семье служащих. Крещен во младенчестве.

В 1975 г. вместе с семьей переехал в Таджикскую ССР.

В 1987 г. окончил СПТУ № 30 города Душанбе.

В 1987-1989 гг. проходил срочную службу в Вооруженных силах СССР на территории Чехословакии.

В 1990 г. переехал в г. Текели Талды-Курганской области.

С 1991 г. нес послушание алтарника и чтеца в Свято-Троицком храме г. Текели.

В 1993-1995 гг. обучался в Алматинском епархиальном духовном училище, продолжил обучение в Томской духовной семинарии, которую окончил в 2011 г. В настоящее время — студент Московской духовной академии по заочному сектору обучения.

22 мая 1994 г. рукоположен во диакона, 25 мая — во иерея архиепископом Алматинским и Семипалатинским Алексием (ныне митрополит Тульский и Ефремовский).

С 1994 г. совершал священническое служение настоятелем в храме пророка Божия Илии г. Серебрянска Восточно-Казахстанской области.

В 1998 г. наместником Свято-Троицкого мужского монастыря г. Усть-Каменогорска игуменом Платоном (Дивенко) пострижен в монашество с именем Амфилохий в честь святителя Амфилохия, епископа Иконийского.

20 августа 1998 г. назначен настоятелем Покровского храма г. Усть-Каменогорска. С 1999 г. – благочинный Усть-Каменогорского церковного округа.

В праздник Пасхи 2006 г. митрополитом Астанайским и Алматинским Мефодием (ныне митрополит Пермский и Соликамский) возведен в сан игумена.

В 2007 г. назначен настоятелем Благовещенского собора г. Павлодара и благочинным Павлодарского церковного округа.

В 2010 г. переведен на служение в Южную столицу и назначен настоятелем Храма Христа Спасителя г. Алма-Аты.

В 2011 г. окончил Московский государственный профессиональный институт управления.

Сотрудник Восточно-Казахстанского этнографического музея по вопросам религии и этнографии славянских народов, проживающих на территории Восточно-Казахстанской области. Совместно с музеем неоднократно проводил этнографические выставки духовно-просветительской направленности.

Учредитель историко-культурного общественного объединения «Ак-Баур», занимающегося вопросами изучения и сохранения культурного наследия, выявления и сохранения исторических и духовных памятников Верхнего Прииртышья.

Член малой Ассамблеи народов Казахстана.

Член правления международной Ассоциации тюремного служения (Prison Fellowship International) с 1999 года (Лозанна, Швейцария).

Решением Священного Синода от 27 декабря 2011 г. (журнал № 147) избран епископом Усть-Каменогорским и Семипалатинским.

1 января 2012 г. в Вознесенском кафедральном соборе г. Алма-Аты митрополитом Астанайским и Казахстанским Александром возведен в сан архимандрита.

3 февраля 2012 г. в храме Всех святых, в земле Российской просиявших, Патриаршей и Синодальной резиденции в Даниловом монастыре в Москве Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл возглавил чин наречения архимандрита Амфилохия (Бондаренко) во епископа Усть-Каменогорского и Семипалатинского.

26 февраля 2012 г. за Божественной литургией в храме великомученика Димитрия Солунского на Благуше в Москве Святейший Патриарх Кирилл возглавил хиротонию архимандрита Амфилохия (Бондаренко) во епископа Усть-Каменогорского и Семипалатинского.

6 мая 2022 г. за Божественной литургией в храме Христа Спасителя Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом был возведен в сан архиепископа.

Образование:

1996 г. — Алма-Атинское духовное училище.

2011 г. — Томская духовная семинария.

2011 г. — Государственный профессиональный институт управления г.Москвы.

Светские награды:

1998 г. – государственная медаль «Астана»;

2000 г. – медаль «10 лет Союзу Казаков России»;

2001 г. – орден Союза Казаков России «За службу Казачеству»;

2001 г. – государственная медаль «10 лет Независимости Республики Казахстан»;

2005 г. – государственная медаль «10 лет Конституции Республики Казахстан»;

2006 г. – почетный диплом акима Восточно-Казахстанской области.

2019 г. – государственная медаль «Шапагат» («Милосердие»).

2019 г. – звание «Почетный гражданин Восточно-Казахстанской области»

Церковные награды:

 2019 г. – орден Казахстанского Митрополичьего округа «Енбек Yшiн» («За труды»);

2019 г. – орден преподобного Серафима Саровского III степени.