Преподобномученик Митрофан, в миру Михаил Андреевич Кванин, родился в 1875 году в селе Губкино Малоархангельского уезда Орловской губернии в крестьянской семье. Брат двух григорианских епископов: епископа Анатолия (Кванина Андрея Андреевича) и епископа Димитрия (Кванина Дмитрия Андреевича). Образование Михаил получил в сельской школе.
Затем становится послушником Виленкого Свято-Духовского мужского монастыря. Где он принимает постриг подлинно неизвестно, но в Самарском Николаевском мужском монастыре (следующее место, в котором подвизается преподобномученик с 1914 года) он уже значится как монах, а по некоторым сведениям даже иеромонах.
С 1917 года отец Митрофан помогает при архиерейском доме в Таганроге, с 1920 года служит причетником села Болохово Тульской губернии, а с 1923 иеромонах перебирается в Москву, где служит в Свято-Духовской церкви Даниловского кладбища. В какой-то момент он был возведен в сан архимандрита.
23 февраля 1933 архимандрит Митрофан был арестован в составе группы священников, служивших в Свято-Духовской церкви. Все они проходят по одному делу и приговариваются к разным мерам наказания.