Нестор Прокопьевич Панин родился в 1881 году в семье мещан города Семипалатинска.
В 1905 году окончил Томскую духовную семинарию.
Состоял надзирателем за воспитанниками и учителем истории в Ишимском духовном училище.
Распоряжением Попечителя Западно-Сибирского учебного округа назначен на должность законоучителя Омских пятиклассного и четырехклассного училищ с 1 января 1910 года. 2 февраля этого же года рукоположен во священника.
С 29 сентября 1913 года служил в Никольском храме Семипалатинска. В 1914 году семья священника состояла из жены и дочери.
На 1937 год служил в Семипалатинском Воскресенском соборе в сане протоиерея.